Sei que nalgumas motas (ex:GS500) um sintoma de valvulas desafinadas é custar a pegar nos dias mais frios. Não é algo que aconteça do dia para a noite, mas vai comçando a acentuar ao longo do tempo.
Na minha mota por ex, a primeira verificação das valvulas deve de ser feita aos 24.000Kms, mas raramente é preciso trocar pastilhas (trocar pastilhas=afinar). Dizem que normalmente só é necessário quando for novamente verificada aos 36.000Kms. Não sei exactamente qual é o "maintenance schedule" da 1000RR, mas podes verificar no manual.
É um "long shot", mas podes aproveitar a deixa para fazer manutenção periódica...em vez de esperar até ouvir válvulas a "bater"!